①發源地不同。有機食品和有機農業的發源地是歐洲，綠色食品起源于中國，無公害食品主要起源于中國，“無公害"一詞從國外引入。
②標識不同。有機食品在不同的國家、不同的認證機構其標識不相同。綠色食品標識是唯一的。無公害食品的標識在不同的認證機構有不同的標識。 
③認證機構不同。綠色食品的認證由中國綠色食品發展中心負責全國綠色食品的統一認證和最終認證審批，各省、市、區綠色食品辦公室協助認證。有機食品的認證一是由國家環境保護總局有機食品發展中心進行綜合認證；二是由中國農科院茶葉研究所有機茶研究與發展中心認證有機茶；三是一些國外有機食品的認證機構在中國開展有機食品的認證。無公害食品的認證機構較多，只有在國家工商行政管理局商標局正式注冊標識商標，或頒布的省級法規，其認證才有法律效應。 
④認證方式不同。有機食品的認證實行檢查員制度，綠色食品的認證以檢測認證為主，無公害食品的認證以檢查認證為主，檢測認證為輔。 
⑤標準不同，分級不同。無公害食品、綠色食品和有機食品的標準各不相同，但總的可以分為三個檔次，即無公害食品是基本檔次，A級綠色食品是第二檔次，AA級綠色食品和有機食品為最高檔次。